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導航PDX數據庫的3個技巧

2018-12-18

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了解如何選擇合適的人源腫瘤異種移植(PDX)模型數據庫,利用哪些特性快速便捷的檢索合適的人源腫瘤異種移植(PDX)模型。

人源腫瘤異種移植(PDX)模型數據庫

在轉至臨床應用之前,人源腫瘤異種移植(PDX)模型是了解藥物臨床前療效的理想工具。隨著各種來源的人源腫瘤異種移植模型數量的增加,整合了這些模型重要特征及數據的人源腫瘤異種移植模型(PDX)數據庫也逐漸出現并橫跨整個行業。

人源腫瘤異種移植(PDX)模型數據庫通常有數百,甚至多達數千個模型可供搜索。因此,了解如何簡便快捷的搜索理想的人源腫瘤異種移植(PDX)模型尤為重要。

確定最適合自己的數據庫

目前整個行業中有很多人源腫瘤異種移植(PDX)數據庫,均可以供人們訪問大量數據,搜索合適的模型(我會為下述文章保留這些不同選項的評論)。然而,在開始搜索人源腫瘤異種移植(PDX)模型時,還有幾個關鍵問題需要回答。這些問題有助于您縮小檢索范圍。

關鍵問題如下:

  • 您是否有一個特定的供應商來幫您開展研究?如果有,該供應商是否提供了一個能夠詳細了解其模型的數據庫?
  • 您是否尚未決定供應商,希望比較不同機構同一來源的諸多模型?
  • 您是否正在尋找學術機構,希望從學術機構獲取人源腫瘤異種移植(PDX)模型并自行開展研究?
  • 您是否正在尋找一個擁有大量模型可供選擇并可以幫您開展研究的供應商?
  • 您是否只打算在google中搜索”人源腫瘤異種移植(PDX)模型數據庫”,看看能出現些什么信息?

回答了上述問題,您即可知道需要從哪里開始搜索。

幾乎所有現行人源腫瘤異種移植(PDX)研究的CROs,都有其自己的數據庫供客戶檢索模型。這些公司的數據庫通常包含數百或數千個人源腫瘤異種移植(PDX)模型(取決于各公司所擁有模型的數量)可供篩選。通常這些CRO也可完成您所需的所有研究任務。

一些新數據庫工具,如PDXFinderRepositive,集合了從學術機構及某些CROs來源的人源腫瘤異種移植(PDX)模型。您可以跨單位進行搜索,一旦您確定了自己所需的模型,這些網站即可幫您與指定供應商聯系。

最后,只需利用谷歌搜索,即可找到這些網站!

縮小人源腫瘤異種移植(PDX)模型列表

在進入一個新的PDX數據庫時,首先需要注意的是如何簡單的過濾/搜索并縮小你所需評估的人源腫瘤異種移植(PDX)模型列表。提前制訂一個高級特性列表,這對研究至關重要。

例如,您正在尋找一大批肺癌模型以供后續的篩選,或者您正在尋找一批攜帶特異突變的模型。您是否希望確保這些模型的生長速率能滿足您對項目時間的要求,或者這些模型已經經過標準藥物的篩選?

良好篩選系統應包括:

  • 腫瘤類型;
  • 種族;
  • 有生長特性數據;
  • 有標準藥物治療數據;
  • 有RNAseq數據;
  • 模型篩選所用的藥物信息。

這一基本層面搜索一經選定,可供評述的模型數量即會減少。現在可通過更具體的數據,對列表中各人源腫瘤異種移植(PDX)模型進行評估。

了解基因型表征的重要性

有了已經縮小的人源腫瘤異種移植(PDX)模型列表,下一步是了解現有表征數據范圍。需要重點關注各模型基因特征。有特色的模型及數據庫通常包括下述若干數據:

  • 基因表達(RNAseq);
  • 基因拷貝數(WES);
  • miRNA表達;
  • 基因突變;
  • 基因融合,或上述特性的組合。

比較人源腫瘤異種移植(PDX)模型時,這類數據非常關鍵。

例如,您是否正在尋找BRAF高表達且具有特定拷貝數變異的模型?有了這種詳細數據,您可把人源腫瘤異種移植(PDX)的檢索范圍縮小至非常有限的數量。

在查看這些基因組數據時,主要查看數據是否易于導出,使您的分析更加直觀。您還可以對感興趣的單個和多個基因表達水平加以比較,其結果以圖形和表格形式呈現,易于查看。此外,建議您觀看現有教學視頻,以便充分了解如何最佳使用這些特性。

結論

為人源腫瘤異種移植(PDX)模型研究選擇合適模型是一項重要任務,您手邊有眾多資源可助您找到適于研究的最佳模型。全面了解如何檢索這些數據庫以及現有數據,可從搜索開始即為您指明正確方向。

Topics: Oncology

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